Η κατοίκηση της ευρύτερης περιοχής των Κυργίων εντοπίζεται σύμφωνα με αρχαιολογικά δεδομένα στην προϊστορική περίοδο. Στον κάμπο των Κυργίων εντοπίστηκαν αρχαιολογικές θέσεις στον Άνω Σταύλο και στις Λεύκες Καλαμώνα, 500 μ. δυτικά του Καλαμώνα και 2,5 χλμ. βορειοδυτικά του χωριού. Σε τρεις από αυτές τις θέσεις βρέθηκε νεολιθική κεραμική, σε δύο κεραμική Εποχής Χαλκού, σε τρεις κεραμική Εποχής Σιδήρου και σε όλες τις θέσεις όστρακα ιστορικών χρόνων.

Η κατοίκηση στην περιοχή των Κυργίων συνεχίστηκε και κατά την κλασική και την ελληνιστική περίοδο. Στην περιοχή ανάμεσα στην Αδριανή και την Αγορά περισυλλέχθηκε κορινθιακή κεραμική του τρίτου τέταρτου του 6ου π.Χ. αιώνα και στην Αγορά εντοπίστηκε ελληνιστικός οικισμός. Στην περιοχή του κάμπου ανάμεσα στα Κύργια και τον Καλαμώνα αποκαλύφθηκε το 1980 νεκροταφείο ελληνιστικών χρόνων και από δύο συλημένους κιβωτιόσχημους τάφους συγκεντρώθηκαν θραύσματα από χρυσό στεφάνι. Επίσης, στα υψώματα της Αγοράς Πλαγιά και Ξεροβούνι εντοπίστηκαν οχυρώσεις.

Μετά τη μάχη των Φιλίππων το 42 π.Χ. μικρές κοινότητες (vici) ιδρύθηκαν από Ρωμαίους στρατιώτες στην Ανατολική Μακεδονία και στη ρωμαϊκή αποικία των Φιλίππων υπαγόταν και η κώμη των Κυργίων. Η ανεύρεση αρχιτεκτονικών μελών, σαρκοφάγων, λατινικών επιγραφών (στο Βαθυχώρι): [r(es) p]ublica col(onia) Iul(ia) Aug(usta) P[hilippensia)]…sub curatione…q(uaestoris) / pr(o) pr(aetore) et cur[atoris r(ei) p(ublicae) Phil(ippensis)], ενεπίγραφης επιτύμβιας πλάκας (κοντά στα Κύργια): T(itus) Flavius / T(iti) f(ilius) Vol(tinia) / dec(urio P[hilip](pensium) / Flavia Macr[i] / na filia, ενός ρωμαϊκού βωμού (κοντά στα Κύργια) με την επιγραφή: Abrocomae / Caesi Victori[s] Niger actor, μαρτυρούν την ύπαρξη ρωμαϊκής κώμης στην περιοχή κατά το 2ο μ.Χ. αιώνα. Επίσης, κοντά στις Πηγές Βοϊράνης, ανάμεσα στον Άγιο Αθανάσιο και το Κεφαλάρι, εντοπίστηκαν τμήματα κτιρίων, επιγραφές και κομμάτια σαρκοφάγων που μαρτυρούν ότι υπήρξε και στη θέση εκείνη ρωμαϊκή κώμη.

Στο Ζυγάκτη ή το μικρό Ιορδάνη, που πηγάζει από τις Πηγές Βοϊράνης, βαφτίστηκε η πρώτη χριστιανή στην Ευρώπη, η Λυδία, στο σημερινό ομώνυμο χωριό.

Τα Κύργια κατά την αρχαιότητα πιθανόν ονομάζονταν Κρίφλα (τοποθετείται στους πέντε πυρήνες που αποτέλεσαν αργότερα το συνοικισμό των Κυργίων) και κατά την Τουρκοκρατία Κιρ, λέξη που σημαίνει ξηρός τόπος. Η τούρκικη ονομασία του χωριού διατηρήθηκε από τους Έλληνες και μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών, επειδή τα καπνά της περιοχής ήταν γνωστά με την ονομασία kir-basma. Στους 17 εκτεταμένους μαχαλάδες (οικισμούς) των Κυργίων: Μπουτζάκ ή Τεκερλί ή Μαμουτλί (Βαθύσπηλο), Ντουρακλί (Τραχεία), Χιμετλί (Αγάπη), Κασαπλί ή Ουζούν-αλάρ (Υψηλόν), Οργαντζή (Κύργια), Αραπλί (Βαθυχώρι), Ντισμετλί (Πηγάδια), Πάζαρλαρ (Αγορά), Καβακλί (Αίγειρος), Δεμιρτζόγιαννη (Περιστεριά), Γιαστόργιαννη (Πολύπετρο), Κέτσιλικ (Μεσοκόρυφο), Ασά-μαχαλά (Ευρύπεδο), Ασά-Μπαγλάρ (Ξηρόχωμα) και στους εγκαταλελειμμένους οικισμούς Βεράκϊοι, Μπόραλικ και Κούρτσιλερ, ζούσαν μόνον Τούρκοι. Οι διατηρημένοι σήμερα παραδοσιακοί οικισμοί είναι αυτοί της Αγοράς, της Περιστεριάς και των Κυργίων.

Γύρω στο 1880 εγκαταστάθηκαν στα Κύργια Έλληνες μικροέμποροι, μπακάληδες και φουρνάρηδες από την Ήπειρο. Επειδή τα Κύργια είχαν συμπαγή τουρκικό πληθυσμό, οι 10 περίπου Έλληνες των Κυργίων μετέβαιναν για να εκκλησιαστούν στο Δοξάτο, στην Αδριανή ή στη Χωριστή. Το 1912 οι λιγοστοί Έλληνες ακούγοντας φήμες ότι ελληνικά στρατεύματα αποβιβάστηκαν στην Καβάλα, ύψωσαν την ελληνική σημαία, αλλά οι Βούλγαροι τους κυνήγησαν στα βουνά και αφού συνέλαβαν τους Δημήτριο Λούπα, Ζήση Μπακόπουλο και Δημήτριο Γαϊτάνο τους εκτέλεσαν. Αργότερα στο σημείο της εκτέλεσης οι αδελφοί Κωτούλα θα ανεγείρουν το Μνήμα Κωτούλα, στη μνήμη των συμπατριωτών τους. Με την ανταλλαγή των πληθυσμών στα Κύργια, όπου διέμεναν πλέον 5-6 οικογένειες Ηπειρωτών, εγκαταστάθηκαν Έλληνες πρόσφυγες από την Ανατολική Θράκη (Αδριανούπολη, Μακρά Γέφυρα, Σαράντα Εκκλησιές), τον Πόντο (Κερασούντα, Σαμψούντα, Τραπεζούντα), τη Μικρά Ασία (Δαρδανέλια, Ικόνιο, Καισάρεια, Καππαδοκία, Νίγδη, Πριήνη, Προύσα, Σμύρνη, Σώκια) και το 1924 εγκατέλειψαν τα Κύργια οι 3.500 περίπου Τούρκοι κάτοικοί τους.

Οι πρώτες εκκλησίες που λειτούργησαν στους οικισμούς των Κυργίων ήταν: ο Άγιος Δημήτριος στα Κύργια, ο Άγιος Γεώργιος στην Αγάπη, ο Άγιος Νικόλαος στο Βαθυχώρι, ο Ευαγγελισμός της Θεοτόκου στο Βαθύσπηλο και η Γέννηση της Θεοτόκου στο Ευρύπεδο. Στην περιοχή των Κυργίων χτίστηκαν αργότερα ναοί: η Αγία Τριάδα και οι Άγιοι Γεώργιος και Δημήτριος στα Κύργια, ο Άγιος Γεώργιος στο Κεφαλάρι, και εξωκλήσια: η Ζωοδόχος Πηγή (Μοναστηράκι) και η Αγία Παρασκευή στα Κύργια, ο Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος στο Βαθύσπηλο, ο Άγιος Παντελεήμων στα Πηγάδια, οι Άγιοι Ταξιάρχες στην Αγάπη, ο Άγιος Γεώργιος στις Πηγές Βοϊράνης και οι Άγιοι Κωνσταντίνος και Ελένη, τα Εισόδια της Θεοτόκου, ο Προφήτης Ηλίας και ο Άγιος Νικόλαος στην αρχαία ακρόπολη του Κεφαλαρίου.

Μετά τον Απρίλιο του 1941 και την εισβολή των Γερμανών και στη συνέχεια των Βουλγάρων άρχισε η Κατοχή και στην περιοχή της Δράμας. Οι Έλληνες της περιοχής μας προσπάθησαν να αντισταθούν στους διωγμούς των Βουλγάρων και οργάνωσαν ένοπλη εξέγερση. Σημαντικό ρόλο στην προετοιμασία της Εξέγερσης της Δράμας το Σεπτέμβριο του 1941 έπαιξε η κομματική οργάνωση του Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας στα Κύργια, την οποία επισκεπτόταν συχνά ο ηγέτης των ανταρτών Παντελής Χαμαλίδης. Η τοπική οργάνωση των Κυργίων είχε γραμματέα τον τσαγκάρη Αργύρη Κρόκο, αδελφό του γραμματέα του Περιφερειακής Επιτροπής Καβάλας του Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας Θεόκλητου Κρόκου. Κάτοικοι των Κυργίων είχαν κινητοποιηθεί ήδη από τις πρώτες ημέρες της Κατοχής για τη συγκρότηση ένοπλης ομάδας και από τον Ιούλιο του 1941 είχαν ανέβει οι πρώτοι αντάρτες στη θέση Τσίμπλα. Η επιλογή των Κυργίων δεν ήταν τυχαία. Στα Κύργια υπήρχε προπολεμικά σημαντική οργάνωση της κομμουνιστικής νεολαίας (αχτίδα) με υπεύθυνο τον Ατματζίδη και μετά από τη μεταξική δικτατορία, οπότε δέχτηκε ισχυρό πλήγμα, αναδιοργανώθηκε μετά τον Απρίλιο του 1941. Επίσης, τα Κύργια βρίσκονταν πολύ κοντά στις βάσεις των ανταρτών στο βουνό και το αντάρτικο κρησφύγετο στην περιοχή των Κυργίων αποτέλεσε το σημείο συνάντησης του Μακεδονικού Γραφείου της Θεσσαλονίκης, της κομματικής οργάνωσης της Δράμας και της κομματικής οργάνωσης της Καβάλας.

Στις 10 το βράδυ της 28ης Σεπτεμβρίου 1941 αντάρτες του Τσαλ Νταγ με επικεφαλής τον Στάθη Σπαθάρα έφτασαν στα Κύργια και αφού συναντήθηκαν με τον Αργύρη Κρόκο και τους ένοπλους κατοίκους που είχαν επικεφαλής τον έφεδρο ανθυπολοχαγό Ηρακλή Μελετιάδη, επιτέθηκαν κατά του αστυνομικού καταστήματος και σκότωσαν έναν Βούλγαρο αστυνομικό και τον Έλληνα διερμηνέα της Κοινότητας στο σπίτι του. Από το ταμείο της Κοινότητας Κυργίων ο αντάρτες προμηθεύτηκαν χρήματα, δύο γραφομηχανές και ρούχα, κατέστρεψαν τα αρχεία και την επόμενη ημέρα πήραν προϊόντα και αποθηκευμένα τρόφιμα. Ο Βούλγαρος πρόεδρος της Κοινότητας, ένας χωροφύλακας και ένας κοινοτικός υπάλληλος του χωριού που είχαν πάει για κυνήγι στην ορεινή Περιστεριά με υποκίνηση του Αργύρη Κρόκου, συνελήφθησαν και εκτελέστηκαν στις 3 Οκτωβρίου 1941 από αντάρτες.

Μέχρι τις 2 Οκτωβρίου κανείς Βούλγαρος δεν τόλμησε να πλησιάσει στα Κύργια, επειδή οι βάσεις και η πλειοψηφία των ανταρτών βρίσκονταν στα ορεινά της περιοχής αυτής. Στις 3 Οκτωβρίου ο Βούλγαρος διοικητής της Αστυνομίας της Δράμας μαζί με έναν κοινοτικό υπάλληλο και έναν αστυνομικό κατευθύνθηκε με αυτοκίνητο προς τα Κύργια για ανίχνευση, αλλά στην είσοδο του χωριού μία ομάδα ανταρτών (Χαράλαμπος Λαζός, Ηρακλής Μελετιάδης, Δεληγιάννης Παπαδόπουλος, Στέφανος Παπαδόπουλος, Περικλής Γκοτζαμάνης και Χρήστος Γκοτζαμάνης) με επικεφαλής τον Μανώλη Ζεϊμπέκη τους έστησε ενέδρα, οι τρεις Βούλγαροι σκοτώθηκαν και μόνον ο οδηγός του αυτοκινήτου κατάφερε να σωθεί. Την ημέρα αυτή βουλγαρικό αεροπλάνο βομβάρδισε τα Κύργια αναγκάζοντας τους κατοίκους τους να καταφύγουν στο βουνό. Και την επόμενη ημέρα, 4 Οκτωβρίου, συνεχίστηκε ο βομβαρδισμός του κεντρικού συνοικισμού των Κυργίων με αποτέλεσμα να καταστραφούν από πυρκαγιά περίπου 200 σπίτια και μαγαζιά. Ακόλουθα, Βούλγαροι στρατιώτες εισέβαλαν στα Κύργια, σκότωσαν όσους απέμειναν στο χωριό, λεηλάτησαν τα σπίτια και έπειτα απόσπασμα Βουλγάρων σκότωσε ομάδα ηλικιωμένων στο Πολύπετρο. Στις 4 Οκτωβρίου στο Καράορμαν εκτελέστηκαν από τους Βουλγάρους άνδρες των Κυργίων, οι οποίοι παραδόθηκαν μαζί με γυναικόπαιδα νομίζοντας ότι δεν θα τους σκοτώσουν. Στις 6 Οκτωβρίου οι Βούλγαροι ειδοποίησαν τους κρυμμένους στο βουνό Κυργιώτες ότι δόθηκε αμνηστία και μετά την επιστροφή τους αρκετοί από αυτούς συνελήφθησαν και στάλθηκαν στις φυλακές της Δράμας. Επίσης, στις 20 Μαρτίου 1942 ο συλληφθείς από τους Βούλγαρους αντάρτης Κυριάκος Γεωργόπουλος εκτελέστηκε με λιθοβολισμό στην πλατεία των Κυργίων, τον Απρίλιο του έτους αυτού οι Ιορδάνης Σαββίδης, Στέλιος Ροδίτης και Μανώλης Σαμπάνης εκτελέστηκαν με βασανιστήρια στην περιοχή των Κυργίων και την 1η Ιουνίου του έτους αυτού επίσης εκτελέστηκε στη Δράμα, σύμφωνα με απόφαση του βουλγαρικού Στρατοδικείου Ξάνθης, ο πρωτεργάτης της Εξέγερσης της Δράμας στα Κύργια Αργύρης Κρόκος. Συνολικά οι Κυργιώτες που εκτελέστηκαν ή δολοφονήθηκαν με ξυλοδαρμό από τους Βουλγάρους κατά τη διάρκεια ή και μετά την Εξέγερση της Δράμας ήταν 144 άτομα, στην Αγορά υπήρξαν 3 θύματα, στον Αίγειρο εκτελέστηκε 1 γεωργός και 4 θύματα είχε η Περιστεριά.